പ്രളയ കാലത്ത് മുല്ലപ്പെരിയാര് അണക്കെട്ടിന്റെ നിയന്ത്രണം കേന്ദ്ര ജല കമ്മീഷന് ഏറ്റെടുത്തേക്കും. പ്രകൃതി ക്ഷേഭങ്ങളുണ്ടാകുമ്പോള് അന്തസംസ്ഥാന അണക്കെട്ടുകളുടെ പ്രവര്ത്തനം കമ്മീഷന് ഏറ്റെടുക്കുന്നതില് അഭിപ്രായം ആരാഞ്ഞ് കേന്ദ്രം സംസ്ഥാനങ്ങള്ക്ക് കത്തയച്ചു. മുല്ലപ്പെരിയാര് അന്തസംസ്ഥാന അണക്കെട്ടാണ്. കേരളത്തിലാണ് സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നതെങ്കിലും നിയന്ത്രണം തമിഴ്നാടിനാണ്. പ്രളയ കാലത്ത് അണക്കെട്ടിന്റെ നിയന്ത്രണം ഏറ്റെടുക്കുന്നതോടെ ഇരു സംസ്ഥാനങ്ങളിലേയും സ്ഥിതി മനസിലാക്കി പക്ഷഭേദില്ലാതെ നടപടി സ്വീകരിക്കാന് കമ്മീഷന് കഴിയും.
കഴിഞ്ഞ വര്ഷം പ്രളയത്തില് ഇടുക്കി അണക്കെട്ട് തുറന്നുവിടേണ്ടിവന്നിരുന്നു. ഇടുക്കിയ്ക്ക് മുകളിലാണ് മുല്ലപ്പെരിയാര്. ഇടുക്കിയുടെ സാഹചര്യം മനസിലാക്കി മുല്ലപ്പെരിയാറിലെ ജലനിരപ്പ് നിയന്ത്രിക്കാന് കേരളത്തിന് അധികാരമമില്ല. ജലനിരപ്പ് 140 അടിയായപ്പോഴാണ് തമിഴ്നാട് 13 സ്പില്വേകള് വഴി മുല്ലപ്പെരിയാര് വെള്ളം ഇടുക്കി അണക്കെട്ടിലേക്ക് ഒഴുക്കിയത്. ഇത് പ്രളയത്തിന് ഇടയാക്കിയിരുന്നു. ജലകമ്മീഷന് നിയന്ത്രണം ഏറ്റെടുക്കുന്നത് കേരളത്തിന് ഗുണം ചെയ്യുമെന്നാണ് കണക്കുകൂട്ടല്.